《想归田园》

《想归田园》
唐 白居易

恋他朝市求何事,想取丘园乐此身。
千首恶诗吟过日,一壶好酒醉销春。
归乡年亦非全老,罢郡家仍未苦贫。
快活不知如我者,人间能有几多人?

—————————————-
好久不灌水,灌一篇大诗人的灌水诗,难怪白同学字乐天,忧国忧民也不忘自得其乐。

考据:多少钋可以在24小时内毒死人

Person of Interest S2E20 里,讲了一个医生被人用Polonium)下毒,只能活24小时的故事。

于是很好奇,这么稀有的元素(每吨铀矿只含 0.1 mg钋),要花多少来杀人?

需要知道以下条件:

辐射致死量:8 Sv

钋的放射活性:5.14E-7 Sv/Bq

放射活性和质量的关系

放射活性 (in Bq) = 

综上:所需钋的质量是 93.6 ng,或者说不到 1 克的千万分之一。

还要考虑的是,以上计算的致死量是几十天内医治无效而死的剂量。剧中一天之内就死,需要更高的剂量。且剧中出现的昏迷症状也表示是大剂量中毒。此表中显示,如果出现昏迷症状,通常会3天之内死亡,而此时的剂量是2周内死亡的5倍以上。因此,我们再多下毒100倍,基本可以保证1天就死,于是需要约 1 微克。

这重量虽然微乎其微,但是因为钋极其稀有,如果从铀矿提炼 1 微克钋,需要10千克铀矿。当然现代方法是用中子轰击铋原子,但是每年全球钋产量仅为100克,用来杀人着实浪费。

其实下毒有各种方法,比如氰化物,口服 200mg 就可以在数分钟内致死。也许编剧是想科普一下毒物谱第一位的大毒物钋吧。

 

Mac OS X 下 Wine QQ游戏

想在 Mac OS X 玩QQ游戏怎么办?有四种办法:

1. 把Mac格了装Windows,成为合格的高富帅装逼犯。

2. 装双系统。

3. 装虚拟机(如 Virtual Box),虚拟个 Windows。

4. 安装 Wine,再用 Wine 安装运行 QQ游戏。

本文单讲第4种方法。(听起来很容易,是吧?)

—————————————————————————–

1. 安装 Wine

Wine 得名于 Windows emulator,它能在非Windows系统下运行 Windows 程序。因为 Wine 没有 mac 安装包,所以要么需要自己编译(听说会很痛苦),要么用以下的方法(实践证明虽然简单,但等待得很痛苦):

1.1 安装 XCode

如果是 Mac OS 10.6 以上版本,可以从 Mac App Store 直接安装 XCode。更早的版本请参考这里

安装后运行 XCode,在菜单 XCode -> Preferences -> Downloads 标签页, 安装 Command Line Tools.

1.2 安装设置 MacPorts

MacPorts 是一个包管理器(类似于 apt-get 或者 yum),可以自动解决安装包的依赖问题。在 Installing MacPorts 页面,找到对应的 .pkg 文件(如 10.8 Mountain Lion 是这个),下载后双击安装。

打开终端,输入以下命令:

echo export PATH=/opt/local/bin:/opt/local/sbin:\$PATH$’\n’export MANPATH=/opt/local/man:\$MANPATH | sudo tee -a /etc/profile

if [ `sysctl -n hw.cpu64bit_capable` -eq 1 ] ; then echo “+universal” | sudo tee -a /opt/local/etc/macports/variants.conf; else echo “not 64bit capable”; fi

sudo xcodebuild -license

阅读上面的 xcode license 并输入 agree。关闭终端再重新打开使设置生效。以上命令的详细解释参考这里

1.3 通过 MacPorts 安装 Wine

在终端输入:

sudo port install wine

然后是漫长的等待(建议出去吃个饭什么的)。

2. 安装 winetricks

winetricks 是把 Wine 自带的开源函数库替换成 Windows 系统下原生但是闭源的函数库。使用winetricks的好处是:可以 workaround 一些 Wine 的 bug。坏处是:1. 也许会引入更多 bug 2. Wine社区不能提供对闭源函数库的支持。

终端:

sudo port install winetricks

3. 安装QQ游戏

先去这里下载2013版(早先的版本不一定能成功)。

在合适的位置创建一个文件夹,比如 /Users/azalea/qq

在终端输入:

export WINEARCH=win32

export WINEPREFIX=/Users/azalea/qq

export LC_ALL=zh_CN

把第2行等号后面改成刚刚创建的文件夹路径

在终端输入:

winetricks colorprofile  fontfix fontsmooth-gray fontsmooth-rgb fontsmooth-bgr  mfc40 mfc42 msxml3 msxml4 msxml6 riched20 riched30 vb6run  vcrun2003 vcrun2005 vcrun2008 ie6 mdac28 cjkfonts mono210

如果终端有提示要你去某个网址下载文件,并放到指定文件夹,照做就是。

然后在终端输入:

wine /path/to/QQGame2013_setup.exe

把以上的路径和文件名改成下载的QQ游戏安装文件的所在路径和文件名。

4. 替换 msvcp60.dll 文件

这一步对一部分QQ游戏不是必须,但是有一些QQ游戏运行时会报错:

wine: Call from 0x7b82c872 to unimplemented function msvcp60.dll.??0Init@ios_base@std@@QAE@XZ, aborting

0x那个地址会不同,但是都会提示 msvcp60.dll 里缺少某个函数。

解决方法是从一个Windows系统,把 C:\WINDOWS\system32\msvcp60.dll 复制到

/Users/azalea/qq/drive_c/windows/system32,替换原有的 dll 文件。

这里这里提供 msvcp60.dll 的下载(如果找不到趁手的Windows系统的话,安全后果自负)。

5. 创建一个 QQ游戏 Application

这步不是必须,如果愿意,可以在终端输入

wine /Users/azalea/qq/drive_c/Program\ Files/Tencent/QQGame/QQGame.exe

但是每次这么搞很累。于是按照这里的教程

5.1 创建一个 AppleScript

打开 AppleScript Editor,位置是在 /Applications/Utilities/

输入以下代码:

on run

set toRun to “$WINEPREFIX/drive_c/Program Files/Tencent/QQGame/QQGame.exe”

set toRunLocale to “zh_CN”

set winePrefix to “$HOME/qq”

set wineLocation to “/opt/local/bin”

set dyldFallbackLibraryPath to “/usr/X11/lib”

——————————————————-

–DO NOT EDIT ANYTHING BELOW THIS LINE

——————————————————-

set toRunPath to do shell script “WINEPREFIX=\”" & winePrefix & “\”; TEMPVAR=\”" & toRun & “\”; echo \”${TEMPVAR%/*}\”"

set toRunFile to do shell script “WINEPREFIX=\”" & winePrefix & “\”; TEMPVAR=\”" & toRun & “\”; TEMPVAR2=\”" & toRunPath & “\”; echo \”${TEMPVAR#$TEMPVAR2/}\”"

do shell script “PATH=\”" & wineLocation & “:$PATH\”; export WINEPREFIX=\”" & winePrefix & “\”; export DYLD_FALLBACK_LIBRARY_PATH=\”" & dyldFallbackLibraryPath & “\”; cd \”" & toRunPath & “\”; export LC_ALL=\”" & toRunLocale & “\”; wine \”" & toRunFile & “\” > /dev/null 2>&1 &”

end run

在以上文件的第4行:把 to 后面改成第3步建立的文件夹路径。

在以上文件的第5行:把 to 后面改成 Wine 所在的路径。找出此路径的方法是,终端:

which wine

把输出的路径去掉 wine 填上去。

然后选择菜单的 File -> Save… 保存文件。

Save as:QQGame(或其他你想用的名字,比如小霸王学习机)

Where:选择 Applications

File Format:选择 Application

5.2 修改 QQ游戏 图标

下载并用 Preview 打开此文件(一个png格式的QQ游戏图标)。Cmd + A全选,并 Cmd+C 复制。

在 Applications 文件夹,找到刚创建的QQ游戏程序,图标应该是个金属质感的东东。右击选 Get Info。选中左上角的图标,按下 Cmd + V 粘贴。

大功告成!

下面你就可以像用其他Mac程序一样使用QQ游戏了。

—————————————————————————–

致谢及参考文献:

感谢 Google 搜索,给了我99%的问题的解决方法和灵感去解决剩下1%的问题。

感谢 @ztpala 同学的翻译和技术指导。

感谢三国杀友 代号86 在百忙之中帮忙找到 msvcp60.dll 文件,以及由始至终给我动力使我得以完成这艰巨任务(我其实是想说 always keeping me motivated)。

感谢以下文章或讨论的作者们,没有你们就没有我的QQ游戏!

第1步 http://www.davidbaumgold.com/tutorials/wine-mac

第3步 http://forum.ubuntu.org.cn/viewtopic.php?f=121&t=385049

第5.1步 http://wiki.winehq.org/MacOSX/FAQs#head-f1c814a8ca500350af40d817fc3b7ffc87fd3911

第5.2步 http://superuser.com/questions/37811/how-can-i-change-an-application-icon-in-mac-os-x

以及各种灵感来源:

http://wiki.winehq.org/FAQ

http://wiki.winehq.org/winecfg

http://www.winehq.org/pipermail/wine-users/2006-June/022062.html

http://hi.baidu.com/jp_xsl/item/c2e63b67d995000ba1cf0f5c

http://www.iusesoft.info/play-pes2011-on-mac-via-wineskin/

http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=799987

http://www.winehq.org/pipermail/wine-users/2007-October/027858.html

 

 

Install Target Finder on Mac

TargetFinder predicts microRNA targets with a plant-specific scheme. To install it on Mac:

1. Download the current release of TargetFinder, now it is Release 1.6

2. Extract and read the README and INSTALL files

3. Download fasta as requested at http://fasta.bioch.virginia.edu/fasta_www2/fasta_down.shtml

Current version is fasta36.

4. Extract and read the README file

5. To install the standard FASTA programs:

cd src
make -f ../make/Makefile.linux_sse2 all

The executable programs will appear in ../bin

6. Make a copy of the executable fasta36 program in your PATH

To check your system PATH:

echo $PATH

Copy fasta36 to /usr/bin (for example) and rename it to fasta35 (a quick-and-dirty way to make TargetFinder work. A better way is to change line 88 of targetfinder.pl to my $fasta = “fasta36″;):

sudo cp ../bin/fasta36 /usr/bin/fasta35

7. Run TargetFinder:
Dir_to_targetfinder/targetfinder.pl -s miRNA.fa -d targets.fa

如何拍出有魅力的照片?

副标题:不完全约炮指南之拍照篇

1. 最好用单反,其次用卡片机,实在不得不用手机,也要用 iPhone。要想约不到炮,请用摩托罗拉

2. 女生一定要45度仰望天空作无辜状自拍,术语叫 MySpace Angle

例如

3. 男生一定要赤膊上阵,尽显腹肌

例如

来源:

OkTrends这篇这篇,超级赞的博客,相见恨晚!

从蹩脚外科医生到细胞炼金术师

昨天看了今年诺贝尔生理学或医学奖得主之一的山中伸弥(Shinya Yamanaka)的诺贝尔演讲,山中同学机智幽默又饱含深情的讲了自己的科学家之路,大家一定要去瞻仰。

山中同学最早是学医的,但他当了两年的外科医生之后,发现自己完全不是那块料,于是去了大坂市立大学读PhD。他的导师 Katsuyuki Miura,给了他一个简单的课题,按山中的话说,难度十分适合“失败的外科医生”。结果他做的结果大出导师的意料。但他导师鼓励他继续研究下去,然后就没有然后了(演讲里没有提)。。

博士毕业后山中同学到美国 Gladstone Institute of Cardiovascular Disease 做博士后,导师 Tom Innerarity 交给他一个课题,在小鼠里过量表达 APOBEC1,一个与脂肪代谢通路相关的基因,他们猜想 APOBEC1 会降低胆固醇含量,因此可能用于治疗心血管疾病。山中同学没日没夜的工作,终于让小鼠过量表达了这个基因。一天凌晨,实验室的技术员找到山中同学说:你的老鼠好像都怀孕了!山中同学说:好吧,但是,他们都是公的啊。后来发现,原来那些老鼠全都得了肝癌。

导师 Tom 先是很失望,别说治疗心脏病了,病人全都得癌症了。但是又鼓励山中同学继续进行小鼠肝癌的研究。于是山中同学成了这个心血管疾病研究所里唯一一位研究癌症的。

山中同学回到了日本,患病数年,病因是 PAD (Post America Depression) (好冷的笑话 — azalea注)。原因没有详叙,大概是美国科研条件太好了。但是柳暗花明,山中同学在他37岁那年,在日本奈良科技研究所当上了 PI(俗称实验室老板)。他于是给自己的实验室设定了研究目标:要把分化成熟的体细胞转化成干细胞。

干细胞,拗口滴说就是未分化且具有分化成各种不同类型细胞能力的细胞。1998年 James Thomson 从人类胚胎中提取出胚胎干细胞 (ES cells),因为胚胎干细胞有分化成各种组织和器官的能力,因此胚胎干细胞的研究有广大的医疗前景。比如可以诱导成心肌细胞,移植到病人体内,治疗心脏病;或者骨髓,治疗白血病。

但是产生人类胚胎干细胞需要破坏胚胎,因此导致了强烈的伦理争议。山中同学于是大胆假设,如果能够把人类体细胞逆转成胚胎干细胞的状态,不仅能终结伦理争议,而且今后用于移植治疗也不会产生排斥反应(因为是用病人自身的体细胞产生的,比如可以把肾衰竭病人的皮肤细胞诱导回干细胞,然后在培养成一个肾,移植回去)。

那是1999年,在当时的很多科学家看来,这个想法很疯狂,从来只见过干细胞分化发育成多种类型的成熟体细胞,没见过成熟细胞自己变回干细胞的。没有人知道要改变多少基因或者表观遗传标记才能完成样的逆转。但是山中乐观的觉得这是可行的,虽然也许需要10年,20年,30年或者更长时间。他的信心来源于前人的研究。

1962年,正是山中同学出生的那年,英国科学家 John Gurdon 把青蛙卵细胞的细胞核破坏 ⓵,用蝌蚪尾巴上的成熟细胞的细胞核代替 ⓶,这个混合的卵细胞发育成了一只正常的青蛙 ⓷。

这说明,成熟细胞的细胞核仍然包含发育成整个青蛙的所需信息,而且可以被转化成干细胞核的状态。这个发现纠正了前人的错误观念,虽然生命由生入死,不可逆转,但是细胞从未分化到分化,却是可以逆转的。John Gurdon也因此与山中同学共享了今年的诺贝尔生理学或医学奖。

在1987年,Harold Weintraub 发现 MyoD 基因能够把成纤维细胞转变成肌细胞。山中于是觉得,既然不同的成熟细胞类型之间可以相互转变,为何不能把成熟细胞转变成干细胞。

于是从1999年,山中同学带领加3个年轻的科研人员,用了6年时间,从24个可能的基因里面,筛选出了4个必不可少的基因,仅仅这4个基因,就可以使细胞命运逆转,回到原始未分化状态,他把逆转后的细胞称为诱导多能干细胞 (iPS cells)。

科学家们惊叹于山中同学的深刻洞察力,因为干细胞和成熟细胞有成百上千的基因表达有差异,而山中同学把这个列表减少到24,发现这24个基因就能完成细胞命运的逆转。他们从这个长度为24的列表里一个一个移除基因,发现最终剩下4个,移除哪一个都不能完成逆转。

George Q. Daley 把山中等人开启的细胞类型转变的研究称为细胞炼金术。我觉得这看起来比炼金术还要神奇。人类的基因组有近2万个基因,而仅仅其中4个就可以把分化细胞转变成干细胞。随后其他科学家的研究发现,仅仅数个其他基因的组合,就可以把一种细胞类型转换成另一种

时过境迁,与当年的4人团队相对比,现在山中同学在 Center for iPS Cell Research And Application (CiRA), Kyoto 带领着200多人的团队,进行着 iPS 细胞的应用研究。科学家可以从病人体内获得成熟细胞,转化成 iPS 细胞,进而培养成成熟的神经、心脏、肝脏等细胞,用于研究疾病机理或试验新药,将来等技术成熟,可以把分化的细胞和组织移植回患者体内进行治疗。

 

这个故事告诉我们:

1. quit 并不可怕。找到你的真爱吧,不然现在就少了个诺奖得主,多了个蹩脚外科医生。

2. 大器晚成并不可怕。山中同学37岁才当上PI(其实也不算特别晚),但是50岁就获得了诺贝尔奖。

3. 好的导师很重要!实验结果不如人意但仍然鼓励学生卖命干活的导师更重要!

4. 科研真的是99%的汗水加上1%的运气(灵感)。山中同学成为PI之前养了好久老鼠不说,之后也养了不知道多少细胞。但是这些也许都是瞎忙,如果没有那1%的灵感。很多实验室都在研究干细胞,但只有山中同学有勇气而且有洞见的一个一个基因的尝试。而且,没有用30年,甚至没有用10年,他们成功了,并且开辟了一个激动人心的新领域。

5. 一定要出生在有重大科学发现的一年,并且以后从事和这个发现相关的研究,这样很可能双双获得诺贝尔奖哦!(这条态度不够严肃,我认错)

p.s. 对演讲的细节也许理解或记忆有误。因为山中同学所有家人都到现场听他演讲,除了他老妈,原因是 “你的英语太差了,我去了也听不懂”。

 

图片来源:

1. 演讲幻灯片

http://www.nobelprize.org/nobel_prizes/medicine/laureates/2012/yamanaka-lecture_slides.pdf

2. 诺贝尔奖官网信息

http://www.nobelprize.org/nobel_prizes/medicine/laureates/2012/popular-medicineprize2012.pdf

参考资料:

1. 演讲视频

http://www.nobelprize.org/mediaplayer/index.php?id=1866

2. Cellular Alchemy and the Golden Age of Reprogramming. Daley, George Q. Cell 151, 1151-1154 (2012) doi:10.1016/j.cell.2012.11.016

http://www.cell.com/retrieve/pii/S0092867412014018

3. Induction of Pluripotent Stem Cells from Mouse Embryonic and Adult Fibroblast Cultures by Defined Factors. Kazutoshi Takahashi and Shinya Yamanaka. Cell 126, 663–676 (2006) doi:10.1016/j.cell.2006.07.024

http://download.cell.com/mmcs/journals/0092-8674/PIIS0092867412014018.mmc1.pdf

4. Direct lineage conversions: unnatural but useful? Thomas Vierbuchen and Marius Wernig. Nature Biotechnology 29, 892–907 (2011) doi:10.1038/nbt.1946

http://www.nature.com/nbt/journal/v29/n10/abs/nbt.1946.html

Octave graphic error on Mac OS X Mountain Lion

Run hist() command in Octave, the error message says:

Reason: Incompatible library version: libfontconfig.1.dylib requires version 15.0.0 or later, but libfreetype.6.dylib provides version 13.0.0

Solution:

cd /Applications/Gnuplot.app/Contents/Resources/lib 
mv libfreetype.6.dylib libfreetype.6.dylib.bak 
ln -s /usr/X11/lib/libfreetype.6.dylib .

Reference:

http://octave.1599824.n4.nabble.com/Mac-OS-X-Mountain-Lion-Octave-can-not-execute-sombrero-td4643502.html

===========================================

Error:
gnuplot> set terminal aqua enhanced title “Figure 1″ size 560 420 font “*,6″
^
line 0: unknown or ambiguous terminal type; type just ‘set terminal’ for a list

Solution:
Create .octaverc file in your home directory, and add the following:

setenv GNUTERM x11

Reference:

http://bits.lot42.com/2013/01/plotting-problems-in-octave-on-mac-os-x