下午和Michael Axtell的谈话

最近没事就和professor谈话，太佩服自己了。 话说还是orientation期间教授见面午餐会上，和Mike说我对microRNA感兴趣，结果2星期前,Mike竟然发邮件问我要不要去rotation，那时我刚撞墙，所以约到今天下午。 Mike告诉我他想让我做的project,就是根据Arabodopsis20个亚种的基因组序列，研究non-conserved miRNA的SNP。说了几分钟问我，你有啥想法？我就汗。。问了他几个问题。问到用什么working programming language，他说他不是programmer，只用perl，Charles prefers C，我又昏，怎么全世界都用不同的language啊。。我说我在学python，Mike说他也想学，只是没有时间。我说That’s fun to learn python，他就说他一个好友，现在在MIT读grad,也极力向他推荐python。 然后又没话说了。他问我还有啥要问的,说的巨快，我都没听懂，让他repeat，汗。。 我就问他忙啥？他开始讲他的project，很有吸引力。 key word就是degradome sequencing，用454方法，也不是solexa方法的，对所有mRNA部分降解产物，就是coding sequence最后到polyA这一段进行测序。然后把3’UTR这一段mapping到基因组中，找到cleaving site的flanking sequence。最神奇的是，用这段序列reverse query microRNA database，竟然可以找到与这段序列互补的microRNA！未完待续，上课先