和Claude dePamphilis等一堆人的谈话

下午去找Istvan Albert谈我rotation的project, 他问我的background, 讲到我以前lab做的事，他说不要告诉我别人做什么，告诉我你做了什么。我就汗。。想了半天哪些是我做的，最后他总结到，你会用perl写处理text的程序，我说是，他于是给了我一些数据让我用python统计并plot，又借我一本python cookbook，让我有问题来问，说明天带笔记本来实验室就好了。正自惭形秽准备离开，看到Gue Su Chang，那天pizza dinner聊过的师兄，又遇到一个印度师兄，venky, 振海，大家围坐一团，讨论各个professor，像讨论mn似的-,-他们说PSU最牛的2个bioinfo的人：Webb Miller & Ross Hardison, 又说到做植物基因组最牛的三个prof,只记得Sarah Assmann和Claude dePamphilis. Claude dePamphilis非常nice, 今年很可能招人。2位师兄说很多导师都需要bioinformatist，但是很奇怪我们program今年只有4个新生，还包括我这么菜的-,- 不过明年要组建Systems Biology专业，估计会有更多新生来:)

下面说重点。谈话完毕，振海Venky和我杀向Claude的lab，Claude本人和照片一样可爱，胡子很长，以至于我后来N次走神都因为看他黑白灰相间的胡子-,-Claude先让我们轮流介绍background，不时发出no kidding!的感叹。ps.他竟然知道复旦大学，还知道我们遗传学很强 orz 然后又讨论我们想做什么。everybody says gene regulation network。然后Claude讲他们lab的工作，说到这个话题时他巨兴奋，very excited!主要有3个，一个是Populus microRNA prediction，一个是开花植物的EST database和祖先基因，还有一个是parasite plant的EST，后面2个是很大的project，主要的funding来源。然后我们讨论了啥是parasite plant,就是寄生在其他植物上的植物，有些是semi-parasite,就叶绿体，有些没有叶绿体，完全依靠宿主的nutrients。有些prasite plant寄生于农作物上，影响了农业。他们的研究以corn&寄生于corn的植物和rice&寄生于rice的植物为 对象，希望通过全基因组EST测序，发现寄生植物中控制寄生的基因，然后改变宿主的基因，使之产生以这些寄生基因为靶标的microRNA，降解寄生植物中的关键基因，他们就挂了。。我问parasite plant和host的关系一定是对host有害的么？Claude画了个图给我们，最常见的是parasite(+)／host（-），这种情况尤其发生在parasite新近发现的宿主身上。也有parasite（+）／host（0)即宿主无害无利。但是parasite和host双赢的情况很少，一个例子是一种真菌寄生于植物，吸收植物的养分，同时帮助植物吸收水和矿物。于是胡乱建议到可否改变作物或寄生植物的基因，使之关系变成（+）／（+），not to inhibit, but to encourage.Claude想了下，说that is possible。很有兴趣的样子，hiahia。然后他又讲到一个evidence，寄生植物的基因组，在寄生之后，关于光合作用的基因剧烈减少，但同时核基因组（不知道是不是听错了）却增大了，he doesn’t know why. 又讲到parasite gene（忘记确切是不是这个）, 就是说一些tranportable elements在别的基因组中复制，消耗能源，但却对宿主没什么好处。在parasite plant体内发现有许多transposon，而他们的宿主体内也有4个这样的transposon，于是推测，很可能parasite plant和宿主之间有基因交流。这就是parasite gene inside parasite plant。A寄生于B寄生于A，真是神奇！

总结一下，今天听了这席话很开心，觉得PSU真是好，学校大教授多，即使每天和教授聊聊天，也能听到不少exciting的东东。而且Claude很nice,不像和Pugh以及Reka讲话那样恐怖-,- 算是满足了一下我的期望～之前想来米国就是为了能经常和牛人聊天，现在觉得也差不多了:)