如何在本地BLAST
Jan 31, 20081. 下载Standalone BLAST executables
注意下载和你的系统对应的文件
2. 解压
以下步骤针对于linux操作系统,windows操作系统的方法请参考解压后的doc文件夹的index.html文件
3. 创建一个名为.ncbirc的文件
内容如下: [NCBI] Data=”path/data/” 其中，”path/data/”是Standalone BLAST程序data子目录的位置。如: Data=/root/blast/data .ncbirc文件应保存在你调用Standalone BLAST程序的目录或者你的根目录
4. 创建BLAST database
下载或者收集BLAST搜索的数据库，通常是核酸序列或蛋白质序列，
通过Standalone BLAST程序的formatdb命令把这些序列格式化。如:
formatdb -i db -o F -p F -n “nr” -v 2000000000
各选项意义如下:
-i 输入文件，只能是一个文件，
-o Parse options （默认是F) T - True: Parse SeqId and create indexes. F - False: Do not parse SeqId. Do not create indexes. Update: 如果需要用fastacmd通过SeqId获取序列，则必须使用-o选项; 如果只是BLAST，不需要获取BALST得到的序列，则不使用-o选项
-p 文件类型 （默认是T) T - protein F - nucleotide [T/F] Optional
-n 数据库名称 不指出的话默认为输入文件名
-v 数据库每卷大小(单位是百万字母) （默认是0) 这个选项把大的FASTA文件分割成卷，每卷大小由-v后的参数指定，不超过2000000000，即20亿字母。
更多选项请参阅 解压后的doc文件夹的formatdb.html文件或者man formatdb 关于错误解决方法，请参阅http://bioinformatics.ubc.ca/resources/tools/formatdb
5. 开始BLAST！ 大家熟悉的”blastp”, “blastn”, “blastx”, “tblastn”, 或 “tblastx” 都通过Standalone BLAST程序的formatdb命令实现。 格式是: blastall -p blastn -d nr -i QUERY -o out.QUERY -m 9 各选项意义如下: -p 程序名 包括 blastp: 通过蛋白质序列搜索蛋白质序列数据库 blastn: 通过核酸序列搜索核酸数据库 blastx: 通过翻译后的核酸序列搜索蛋白质数据库 tblastn: 通过蛋白质序列搜索翻译后的核酸数据库 tblastx: 通过翻译后的核酸序列搜索翻译后的核酸数据库 -d 数据库名称 与formatdb中-n选项一致 -i 输入文件 不指明的话默认为STDIN -o 输出文件 不指明的话默认为STDOUT -m (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,impala, megablast, rpsblast)显示选项: 0 pairwise (default) 1 query-anchored showing identities 2 query-anchored, no identities 3 flat query-anchored, show identities 4 flat query-anchored, no identities 5 query-anchored, no identities and blunt ends 6 flat query-anchored, no identities and blunt ends 7 XML Blast output (not available for impala) 8 tabular (not available for impala) 9 tabular with comment lines (not available for impala) 10 ASN.1 text (not available for impala or rpsblast) 11 ASN.1 binary (not available for impala or rpsblast) -T 输出html格式的文件 更多选项请参阅 解压后的doc文件夹的formatdb.html文件，或者man blast
6. Standalone BLAST程序还带有其他命令，如 bl2seq: 比较2个序列相似性 megablast: 高度相似性核酸序列BLAST 等等 详情请参阅 解压后的doc文件夹,或者man blast
2009.9.3 Update:
BENM同学也写了一系列BLAST教程，很好很详细，大家可以参考下：