几个生物信息学工具: iHOP, Gaggle, Apropos, STRING

iHOP, Gaggle, Aprops, STRING都是研究基因组和蛋白质组（或者用popular的词说：系统生物学）的工具。

iHOP是用基因或蛋白质做关键词，显示PubMed数据库的文章摘要网络。你只需输入某个基因或某个蛋白质，iHOP就把所有相关文章（定义为摘要里包括这个基因的名字，accession No,etc）显示出来。iHOP可以使你迅速了解特定基因或蛋白质的结构、功能、同源物、相互作用基因或蛋白质，这在解释大规模数据分析的结果时很有用。

官方网站: http://www.ihop-net.org/UniPub/iHOP/

文献: Hoffmann, R., Valencia, A. A gene network for navigating the literature. Nature Genetics 36, 664 (2004).

Gaggle是用Java写的开源的生物信息学软件和数据整合平台。它提供一个框架，用户可以自己写Gaggle的程序，称为goose（这个很搞笑的说，因为Gaggle是鹅叫，而goose是鹅，一堆鹅在一起就组成了鹅叫-,-），其他用户就可以在Gaggle平台中使用这些程序，进行数据格式类型转换和分析。

官方网站: http://gaggle.systemsbiology.org/docs/

文献: Paul T Shannon, David J Reiss, Richard Bonneau,Nitin S Baliga. The Gaggle: An open-source software system for integrating bioinformatics software and data sources. BMC Bioinformatics 2006, 7:176.

Apropos是开源的大鼠/小鼠/人类基因组和蛋白质组注释工具。用户只要上传一组基因，就会得到详细的注释信息，如截图。这样分析结果倒是方便得紧阿 :)

官方网站: http://apropos.mcw.edu/

STRING是蛋白质相互作用数据库，是Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins的缩写，现在有373个物种的1513782个蛋白质。STRING把不同物种中的蛋白质定量关联起来。

官方网站: http://string.embl.de/

参考文献: von Mering et.al. 2007 / 2005 / 2003 / Snel et.al. 2000.

最后搭车送2个Firefox插件，一个是BioBar,整合了各大生物学数据库;另外一个是iHOPerator，用来定制iHOP的显示内容。