用R和BioConductor进行基因芯片数据分析(三)：计算median
May 03, 2008我们已经知道要分析的数据对每个基因有3个重复测定值，经过缺失值填充后，每个基因都有3个可用值。
这一步很简单，就是取这3个值的中位数，即median。
方法很多，在excel中可以用median函数;
在R中我写了以下代码进行操作：
get_median<-function(i,j){ num_vec<-c(imputeddata[i*3-2,j],imputeddata[i*3-1,j],imputeddata[i*3,j]) median(num_vec) } #A simple function to calculate median value of three replicates dimrow<-(dim(imputeddata)[1])/3 mediandata<-matrix(data = NA, nrow =dimrow, ncol = dim(imputeddata)[2], byrow = TRUE, dimnames = NULL) #Create a blank matrix to store median values for (i in 1:dimrow){ for (j in 1:dim(imputeddata)[2]){ mediandata[i,j]<-get_median(i,j) } } #Assign median value using the function get_median()可能有更好的方法，欢迎留言讨论
现在我们得到了中位数的数据，储存在mediandata对象里，行数是缺失值填充数据imputeddata的1/3，double check一下：
> dim(imputeddata) [1] 11571 20 > dim(mediandata) [1] 3857 20