candidacy考试--写给IBIOS(BG)的学弟学妹

本文关于PSU IBIOS graduate program BG option的candidacy考试，相当于博士入学资格考试，不相关人员敬请绕行。

偶们小program的candidacy考试形式很奇特，据我所知与很多program都不同，比如

BMMB是TA evaluation + 2-page research summary + 1-page paper critique + 2h presentation and Q&A of the paper critique

CDB/plantBio是paper critique + 2h presentation and Q&A of the paper critique

以上3家的paper都是指定的，没有选择余地，ms连committee members都是指定的。。

偶们BG program的要求很复杂，orientation时发的一本叫做IBIOS degree requirement的小蓝册里应该有，另外这里是Dr. Carlson的email，自己看吧。

大概流程就是，自己找3人的committee，再自己找一个chair，再找这堆人共同有空的2个半小时时间，再找一个屋子（常用的是301LifeSciences或519Wartik)，自己找一篇或两篇paper，写critique/review/proposal都行，不过要5-10页，做15-20分钟presentation，之后是2个小时口头问答。

问题真是海阔天空，不过仔细读那篇paper是相当的重要。比如他们用到的方法，用的参数，结论，甚至讨论部分都有问到。

然后如果你写的是proposal，你对你建议的研究方法一定要清楚。比如我建议用ChIP-Seq,就被问到chip到什么程度就算足够了，太多花钱，太少不保证把你想要的序列都IP了。我的答案是“偶不知道”，更汗的是我现在都不知。

还有就是对这个领域的general idea。我写的是关于植物用比较基因组方法预测调控序列，就被问到动物和植物基因组有啥不同，答案大概是植物有很多polyploids, genome duplication云云。然后就被问，这么多duplication，你怎么确定你找到的是homologue，而不是paralogue。

此外就是非常基础的知识。重点是3个方面：功能基因组学，生物信息学（算法、软件、进化）和比较基因组学。比如我老板竟然问我转录的原理，我说specific TF recruits general TF (i.e. Pol II)，然后老板问Pol II binding site叫啥，偶竟然怎么也想不起来，高中生物来的，答案是”TATA box“…然后又被问到你做一个实验，就比如ChIP-Seq找TF，最理想的结果是啥，答案是预测正确的同时是实际正确的，预测错误的同时是实际错误的。那么另外2种结果是啥？答案是error。那么讲讲啥是type I error，啥是type II error吧。还有个问题问我multiple alignment tools都用到哪些参数。答案大概是gap opening/extension penalty啥的。

最后说一下如何准备。我的时间安排大概是：

1. 考试前3个月找committee

2. 考试前2个月和老板讨论了下选啥paper，做啥proposal，写了个提纲

3. 考试前1个月写了全文，定了考试时间和地点

4. 考试前2周写终稿，并发给3位committee成员和chair

5. 考试前2天开始看paper，查资料，做slides （这个被证明是重大失误，应该至少提前1个月准备general question，我觉得看看genomics和bioinformatics课件足够，提前1周准备和paper相关东东）

6. 考试前1天去领了考试的表格，chair要填，发了reminder，提醒各位来参加考试

7. 当天早到5分钟，准备投影仪啥的。不知道要不要准备吃的喝的，我没问，大概偶们program不要

8. 考完后1天发Thank you letter

酱紫，祝大家好运~~