用GBrowse定制你自己的基因组浏览器
Apr 14, 2009接触过基因组学的同学想必都知道UCSC Genome Browser，在那里可以像看书一样浏览数十种物种的基因组，包括编码序列，调控序列，ChIP-chip数据，芯片数据，EST序列，保守序列等等; 可以指定要看的位置，比如Human chrX:151,073,054-151,383,976，随意放大缩小，展开或收起数据。
但是如果你想要浏览的物种不在UCSC Genome Browser，你应该试试GBrowse！GBrowse是个开源的基因组浏览器框架，你只需要导入特定格式的数据，就可以在GBrowse的图形界面里浏览你的基因组了。GBrowse的界面到底什么样子？可以看看FlyBase或WormBase.
下面就简单介绍一下GBrowse的安装、设置和使用。
这里只介绍Ubuntu/Debian下的安装方法，其他系统请参考GBrowse的wiki页面。
首先，按照GBrowse的Ubuntu安装指南，安装Apache, libgd, MySQL和其他一些包，然后下载网络安装脚本 Generic-Genome-Browser/bin/gbrowse_netinstall.pl，运行:
sudo perl gbrowse_netinstall.pl
等待…如果没有错误，那么恭喜你，去买彩票吧。买之前可以在http://localhost/gbrowse欣赏一下安装成果。
安装不出错是不正常的，不信去搜索一下GBrowse Intallation Error.
错误：Bio::Graphics版本过低
解决：不要使用网络安装脚本，手动安装
步骤：用CPAN安装Bio::Perl and Bio::Graphics sudo perl -MCPAN -e ‘install GD::SVG’ sudo perl -MCPAN -e ‘install Bio::Perl’ (if not working, sudo apt-get install bioperl) sudo perl -MCPAN -e ‘install Bio::Graphics’
如仍有错误，请参考http://gmod.org/wiki/GBrowse_2.0_Prerequisites，把所有需要的包都安装一遍。然后重复上面CPAN的安装命令。
如仍有错误，请自行Google…
如果一切顺利，则下载 http://downloads.sourceforge.net/gmod/Generic-Genome-Browser-1.69.tar.gz?use_mirror=voxel
进入解压后的文件夹：
perl Makefile.PL make sudo make install
于是GBrowse就安装好了。请去http://localhost/gbrowse欣赏一下安装成果。
安装成功后，可以看到GBrowse教程：http://localhost/gbrowse/tutorial/tutorial.html 如果你没安装好，网上有完全一样的教程： http://mckay.cshl.edu/gbrowse/tutorial/tutorial.html
请仔细按照1. The Basics的步骤进行设置。
如果一切顺利，你会看到这个页面：http://localhost/cgi-bin/gbrowse/volvox
请自行参考教程下面的部分，have fun!
错误：按1. The Basics设置后，这个页面：http://localhost/cgi-bin/gbrowse/volvox是空白或者返回Internal Server Error
解决：教程里有讲到，首先检查以下问题是否存在：
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检查文件volvox.conf是否正确
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检查文件volvox1.gff3是否存在于database目录
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如果是Windows系统，检查上面2个文件的扩展名，确定扩展名是conf或gff3而不是txt
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检查Apache server的error_log文件。
Linux下通常在 /usr/local/apache/logs, /var/log/apache2, /var/log/www, 或 /var/log/httpd
Windows下通常在C:Program FilesApache GroupApache2logs,
错误信息通常是找不到某某文件
错误：找不到Text/ShellWords.pm
解决：下载ShellWords.pm，然后在Perl库文件的目录下 （我的是 /usr/local/share/perl/5.8.8），创建目录 Text，然后复制ShellWords.pm到此目录。
按照教程来玩，应该不会有啥问题。Enjoy!