Symposium on Molecular and Genomic Evolution记要

这周末参加了 Penn State & SMBE 举办的 Symposium on Molecular and Genomic Evolution，同时也是为了庆祝 Masatoshi Nei (根井正利) 的80大寿（虽然他的生日在1月份）。

周六早上的talks被我睡过去了，于是从下午3点写起：

Teh-hui Kao 讲的基本就是这篇文章：Collaborative Non-Self Recognition System in S-RNase–Based Self-Incompatibility

Jianzhi Zhang 讲了用 Yeast 2-Hybrid system 研究蛋白质相互作用 (Protein-protein interaction, PPI) 的进化速度。大概方法是选取了在一种酵母里实验验证的115组蛋白质相互作用，研究在另外一种酵母里有多少相互作用仍然存在。同时结合了已经发表的在其他物种的研究数据，得到结论说： PPI在较远的物种里仍然高度相似；蛋白质相互作用网络的功能是保守的，因此可以在低等物种里研究人类疾病，即使这种疾病发生的组织在低等物种里根本没有。

Norihiro Okama 讲了 SINE (一种反转录转座子) 在种系发生学 (Phylogenetics) 上的应用。SINE可以作为 genetic marker 来推断种系关系。

Kateryna Makova 讲了 microsatellites 的产生和消失。Microsatellites 有很高的突变率 (10^-4 to 10^-2 mutation/locus/generation in human)，占人基因组的 3%，一些位点和疾病相关，因此是研究热点。发现 microsatellites的产生和消失大多是由于 substitution 而不是 motif insertion / deletion；microsatellites的产生和消失速率与 substitution rate, AT content and L1 elements 是正相关；疾病相关的 microsatellites 都很古老，存在于所有灵长类动物中。

Andrew Clark 讲到一个想法，就是当一个种群数量指数增长时（如人类），会使非同源突变（改变氨基酸序列的DNA序列突变）的比例大大增加，因此可能增加疾病风险。因为进化压力还没有足够时间使这些有害突变消失。提问阶段很多人表示异议，我表示没有听明白。

Pekka Pamilo 讲了对社会性昆虫的基因组研究。主要发现有：蚂蚁中chemical communication基因数量增加；在工蚁和蚁后中一个reproductive protein Vitellogenin有差异表达；蜜蜂中在不同 caste 有差异表达的基因有很高的甲基化比例；和其他昆虫相比，社会化昆虫的免疫相关基因数目较少，但拥有的这些基因大多数受到 positive selection；社会化昆虫基因组的重组率比较高。

Aravinda Chakravati 以疾病 HSCR (Hirschsprung aganglionosis) 为例讲了 human genetic variation。有趣的一点是这种疾病是由于肠道的一种神经节细胞无法成熟而导致的。演讲中提到一本书 The Second Brain，是说肠道的神经系统 (Enteric Nervous System, ENS)和中央神经系统 (大脑，CNS)都是由 neural crest cell 分化而来，但是 ENS 在进化史上要早于 CNS，早在 sea cucumber 里已经有了。

Stephan Schuster 讲了5个非洲人的基因组测序。我比较感兴趣的信息是，他们发现不同的测序平台对 SNP 的预测有压倒性作用，就是说 在同一测序平台得到的亚洲人和非洲人的 SNP相似性可以比不同平台得到的2个非洲人的 SNP 的相似性高。因此建议在多个平台上测序，然后把SNP结果和并。另外提到每个人类染色体上预测的SNP数量和染色体长度不是完全正相关，因为一些染色体（如 Chr 9）在测序数据中是 under-representative 的。

Bruce Levin 讲了 Horizontal Gene Transfer (HGT) 对细菌进化的意义。他展示很多模型的模拟数据。然后讲了个轶事，说分子生物学家问进化生物学家/种群遗传学家：为什么你们需要模型？他说，你们就不需要模型么？用数轴上的方框表示操纵子不也是模型么？此外令我印象深刻的是，他用 Fortran 编程，还说Fortran很快！以及一个quote (source)：

‘Doing research in population biology without mathematical and/or computer simulation models is like playing tennis without a net or boundary lines’.

印象比较深刻talks的就是以上。敬请期待下篇：Nei的八卦