Linux安装libsbml

libSBML是用来读写和操作Systems Biology Markup Language (SBML)的库。根据 sbml.org 的描述，”SBML是一种描述生物化学反应模型的机器可读格式,可以应用到新陈代谢、细胞信号转导等模型”。直观地说，SBML是一种类似XML的格式，用于表示系统生物学模型。

libSBML可以在http://sourceforge.net/project/showfiles.php?group_id=71971&package_id=71670下载，下载后解压,进入解压后的文件夹。

Linux下的libSBML下的安装需要以下步骤:

第1步：

注意事项1：默认情况下libSBML尝试使用libxml2 XML library的2.6.16或更新版本，如果没有这个library,可以用命令:

或

Expat, Apache Xerces-C++和Libxml2都是常用的XML parser library.

注意事项2：

默认情况下，libSBML只创建C和C++的API，如果想通过其他软件使用libXBML，需要在configure时加上参数--with-java, --with-lisp, --with-python, --with-perl, --with-matlab, --with-octave, 或 --with-ruby

比如希望Python和Ruby使用libSBML,就用命令:

第2步：

第3步：

以上不用多说

第4步也是最后一步：

不熟悉的可以man ldconfig (这话不是我说的。。) 这步的目的是使第3步的软件可以在运行时找到libSBML的库文件。

搞定啦。详细的安装说明以及Windows和Mac OS的安装说明请看http://sbml.org/Software/libSBML/docs/python-api/libsbml-installation.html

可以简单测试一下：

>>>import libsbml