azalea says

Linux下文献管理工具的使用

还在为散落电脑各处的用时找不到的成堆的文献发愁么?你该试试文献管理工具了。。

文献管理工具有很多啦,Windows下有著名的EndNote, Biblioscape, NoteExpress,Reference Manager,ProCite,具体比较搜索一下可以找到N多,比如这个(中文)和这个(英文)。

在线版或者以浏览器插件形式存在的有EndNote WebZotero.

Linux下也有很多文献管理工具,而且免费开源,较多人推崇的有JabRefBiBus.

JabRef是经典老牌软件了,基于Java,打开比较慢,试用了一下总是找不到想要的菜单。于是下面单讲BiBus。。

BiBus基于Python,Windows和Linux版本都有,Ubuntu下安装Bibus只要敲 sudo apt-get install bibus,就OK了(JabRef同理)。

其界面和参数设置可以看这里(虽然以Windows版为例,不过大同小异)。要注意的一点是第一次使用前要选择数据库,MySQL或SQLite任选其一;如果是个人使用,最好选择SQLite,具体按提示搞就OK了。

然后就需要导入文献数据库,以生物医学领域著名的Medline数据库为例(Medline和PubMed的关系好像很复杂,基本可以认为PubMed是Medline的在线搜索服务):

  1. PubMed主页,搜索关键词,在搜索结果列表中选中一堆你想要的文章(选中前面复选框,额,,我是不是太罗嗦了),在左上方Display下拉列表中选MEDLINE,在右边Send to下拉列表中选File,然后貌似会以pubmed_result.txt的文件名自动存到下载目录里。

  2. 打开BiBus(在Applications->Office->BiBus,我发现我确实很罗嗦),选择菜单File->Import->Medline,选择pubmed_result.txt文件,数据库就显示在BiBus左侧的Import Buffer目录了。

使用:点击每篇文献,下方就会显示作者标题摘要等信息;你可以拖动文献到左侧References目录,可以右键点击References目录,选择Add Child增加子目录,也可以手动新建文献资料。

当然更重要的就是查找功能啦,你可以查找本地文献数据库,远程查找PubMed,甚至可以使用eTBlast(简单的说就是根据标题摘要甚至文章部分章节进行文献相似度比对)。

好吧,我就知道这些,大家有啥新发现记得留言哦~

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